Pasca-persetujuan bersama oleh DPR dan Presiden dalam Rapat Paripurna, naskah RUU Cipta Kerja tidak boleh lagi diubah substansinya. Hal itu diatur dalam Pasal 72 UU No. 15 tahun 2019 tentang Perubahan atas UU No. 12 Tahun 2011 tentang Pembentukan Peraturan Perundang-Undangan. Namun kenyataannya, substansi RUU Cipta Kerja diubah, baik ketika masih berada di DPR maupun setelah diserahkan kepada Presiden.
Perbandingan antara RUU Cipta Kerja versi Rapat Paripurna setebal 905 halaman per 5 Oktober 2020 dan RUU Cipta Kerja versi diserahkan kepada Presiden setebal 812 halaman per 14 Oktober 2020, menunjukkan adanya perbedaan yang signifikan, yakni adanya perubahan, penghapusan, dan pengaturan baru atas ketentuan dari 10 Undang-Undang.
Tidak hanya itu, perbedaan isi naskah berlanjut ketika RUU Cipta Kerja versi 812 halaman yang diserahkan kepada Presiden per 14 Oktober 2020 disandingkan dengan naskah yang diundangkan menjadi UU No. 11 Tahun 2020 tentang Cipta Kerja, yaitu terdapat satu Undang-Undang yang ketentuan pasalnya dihapus.
Selain itu, ada tiga Undang-Undang dengan ketentuan yang paling banyak diubah oleh UU Cipta Kerja, yaitu UU No. 1 Tahun 2009 tentang Penerbangan dengan 90 pasal terdampak, UU No. 13 Tahun 2003 tentang Ketenagakerjaan dengan 73 pasal terdampak, dan UU No. 17 Tahun 2008 tentang Pelayaran dengan 68 pasal terdampak.
